„Niewinni czarodzieje są dziś pewnie jednym z najbardziej obojętnych politycznie filmów, jakie zrealizowałem. Całkowicie inaczej oceniały go jednak władze z czasów Gomułki. Niewinny temat młodego lekarza, który lubi elastyczne skarpetki i dobre papierosy, posiada magnetofon i nagrywa na nim swoje dialogi z dziewczętami, którego jedyną pasją jest gra na perkusji w jazzowym zespole Krzysztofa Komedy -okazał się bardziej drażliwy dla ideologów-wychowawców niż Armia Krajowa i powstanie warszawskie” -mówił Andrzej Wajda o swoim piątym pełnometrażowym filmie z 1960 roku, do którego scenariusz stworzyli wspólnie Jerzy Andrzejewski i Jerzy Skolimowski.
Tak pisał o Niewinnych czarodziejach w Trybunie Ludu Janusz Wilhelmi, zagorzały wróg Wajdy, krytyk literacki i polityk: „Dla niejednego widza, zwłaszcza młodego, zawarta w filmie próba krytyki będzie zgoła niedostrzegalna. Znacznie bardziej atrakcyjny wyda mu się ów wzorzec łatwego życia i użycia, tak ponętnie przez realizatorów wyeksponowany. A to można już ujmować w kategorie społecznej szkodliwości.”
Mówi się, że celem jednego ze scenarzystów obrazu, Jerzego Andrzejewskiego było uchwycenie nowego sposobu bycia i kształtującego się, zwłaszcza wśród ludzi młodych, zjawiska „społecznego egoizmu” polegającego na ukrywaniu swoich uczuć, nihilizmie i cynicznym, antymetafizycznym podejściu do rzeczywistości. Tytuł scenariusza zapożyczył Andrzejewski z fragmentu I części Dziadów Mickiewicza:
Mędrce dawnych wieków
Zamykali się szukać skarbów albo leków
I trucizn — my niewinni młodzi czarodzieje
Szukajmy ich, by otruć własne swe nadzieje
Jednak, paradoksalnie, również niektórzy zwolennicy filmu, doceniający stylistyczną i tematyczną wszechstronność Wajdy, uznawali go za oskarżycielski wobec postaw bohaterów w nim przedstawionych. Krytyk Stefan Morawski pisał w recenzji opublikowanej w magazynie Ekran: „Film jest społecznie użyteczny. I, według mnie, jest on -mimo iż intencje autorów były obiektywistyczne -filmem oskarżycielskim. Oskarżenie zostało osłabione niepotrzebną końcówką (powrotem Pelagii), ale i tak dostatecznie wyraziste jest bankructwo reprezentowanej tu postawy życiowej. Ten film alarmuje, gdyż Bazyli i jemu pokrewni przerażają swoją pustką i biernością. Alarmuje, jeśli nie samych młodych (którzy bynajmniej nie są niewinnymi czarodziejami), to dorosłych.”
Zagraniczne recenzje były Niewinnym czarodziejom raczej przychylne — obraz łączono ze stylistyką europejskiej „Nowej Fali”, zwracając uwagę na odcięcie się od odniesień wojennych i skupienie na życiu duchowym i miłosnym młodego pokolenia i wyznawanych przez nie wartościach. W kraju jednak film doświadczał kolejnych ciosów: polski Kościół katolicki uznał go za całkowicie nieodpowiedni dla młodzieży, ze względu na bezradność wobec ukazanych problemów i brak wskazań wychowawczych -o takiej opinii zawiadamiał list, który w początkach 1960 roku reżyser otrzymał od Wydziału Pomocy Duszpasterskich Archidiecezji Warszawskiej. Kolejny atak nastąpił ze strony polskich władz komunistycznych, uznających tytuł za promujący postawę życiową, której obce są jakiekolwiek zdrowe ambicje i cele.
Niewinni czarodzieje to jeden z kilku filmów Wajdy, które w jego twórczości wydają się zaskakujące i nie kojarzą się z jego filmowym stylem pisma, ani podejmowaną przez niego tematyką. Kameralna historia wierna zasadzie trójjedności miejsca, czasu i akcji, formalny minimalizm, przypominający paradokumentalne Cinema-verite, współczesna tematyka, nowoczesna muzyka Krzysztofa Komedy i aktorstwo Tadeusza Łomnickiego sprawiły, że w pewnych kręgach film do dziś ma status kultowego. Choć zdaniem reżysera historia mogłaby być jeszcze bardziej współczesna, gdyby obsadził w roli głównej współscenarzystę -Jerzego Skolimowskiego, a w roli Pelagii -Elżbietę Czyżewską, prywatnie żonę współscenarzysty, którzy, gdyby użyć dzisiejszego języka popkultury, byli jedną z najpopularniejszych „power couples” polskiego środowiska filmowego lat 60-tych ubiegłego wieku. Jednak dla swoich wielbicieli a także części współczesnych krytyków, film jest prawdziwy w swoim uchwyceniu poczucia uwięzienia w „małej stabilizacji”, braku perspektyw, celów i idei, którym ówczesne młode pokolenie mogłoby dać się porwać.
Paradoksalnie, im więcej upływało czasu, tym film cieszył się coraz większym uznaniem: dziś jego tytuł nadawany jest festiwalom, klubom muzycznym i restauracjom -tak znanym punktem odniesienia jest w polskiej kulturze popularnej, zyskując, 60 lat po premierze, wciąż nowe kręgi odbiorców. Jego sława nie mija również poza granicami Polski: wielki admirator talentu Andrzeja Wajdy Martin Scorsese uznał Niewinnych czarodziejów za jedno z arcydzieł polskiej kinematografii, typując film w 2014 roku do cyklu projekcji odbywających się w USA i Kanadzie w ramach festiwalu Martin Scorsese Presents: Masterpieces of Polish Cinema.